自 20世紀90年代以來，因系列環(huán)境問題的日益凸顯，國內(nèi)外研究的關(guān)注點逐漸轉(zhuǎn)移到大量施用有機肥對溫室氣體排放的影響，有機肥中氮、磷在土壤中的積累、遷 移、淋溶風(fēng)險及其對水體富營養(yǎng)化的貢獻，有機肥中重金屬、抗生素、動物激素及環(huán)境激素、病原生物、抗性菌及抗性基因等對土壤、水體、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全和人體健康的影響。現(xiàn)在的有機肥已與傳統(tǒng)意義的有機肥在組成上有著巨大差別，規(guī)模化養(yǎng)殖場畜禽糞中P、K、Cu、Zn、As等元素和抗生素殘留量明顯高于農(nóng)戶家庭小規(guī)模養(yǎng)殖的畜禽糞，同90年代相比，規(guī)?；B(yǎng)殖畜禽糞中不僅N、P含量顯著提高，有害重金屬含量也大幅度增加,因此，有機肥進入農(nóng)田對土壤環(huán)境質(zhì)量和健康質(zhì)量會產(chǎn)生顯著影響，其農(nóng)用的環(huán)境與健康風(fēng)險不容忽視。
有機肥的合理施用將改善土壤質(zhì)量，培育地力，增加作物產(chǎn)量，并改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)。農(nóng)業(yè)部已提出化肥、農(nóng)藥零增長的戰(zhàn)略目標，而要滿足我國人口高峰對食物的需求，不斷增加作物單產(chǎn)是不二的選擇，因此，有機肥的作用將日益突出。
一些發(fā)達國家有機肥氮與化肥氮的施用比例維持在1 : 1左右，在保育地力的同時，使得作物生產(chǎn)能力穩(wěn)步提升。在新形勢下，我國有機肥的需求將迅速增大，有機肥的施用也將步入新的高潮。但現(xiàn)在的有機肥含有重金屬、抗生素、激素、病原菌、抗性菌等污染物，其農(nóng)用的環(huán)境風(fēng)險需要高度重視。分析國內(nèi)外的研究熱點，今后有機肥的研究重點將集中在基礎(chǔ)研究、無害化技術(shù)與安全施用等方面。
